مكتب شیخیه توسط شخصی به نام شیخ احمد احسائی (1242-1116 هـ‌ق) از اهالی احساء ، پایه گذاری شد كه با ارائه تعبیرات فلسفی و عرفانی جدید درباره مقولاتی مانند ماهیت «روح» ، كیفیت معراج ، مفهوم «هورقلیا» ، «ركن رابع» و «شیعه كامل» و همچنین مقام امام در سلسله مراتب وجودی و نحوه ارتباط با آفریدگار موجبات تغییر و تحول گسترده در اندیشه طیفی از طلاب جوان علوم دینی شد و با اندیشه‌های جدید تلفیقی راه را برای ایجاد و گسترش نحله‌های فكری هموار ساخت. نهایتا آنچه مكتب شیخیه در حوزه اندیشه به عمل آورد، سبب نضج‌گیری بابیه ـ بهائیه شد.

پس از شیخ احمد احسائی، شاگرد و جانشین او سید كاظم رشتی (1259 هـ . ق) مكتب شیخیه را وارد دوره تازه‌ای كرد و مسئله بابیت و ظهور امام زمان را به نحوی به طلاب و شاگردان خود آموزش داد كه تمامی آنها در انتظار ظهور قریب الوقوع امام به سر می‌بردند و برای دستیابی به مقام «بابیت» و «نیابت» و در جستجوی شیعه كامل و تعیین ركن رابع به عبادات سخت مشغول بودند. در چنین فضایی بود كه علی محمد شیرازی ـ شاگرد سید كاظم رشتی ـ ادعای بابیت امام زمان كرد و با گردآوردن جمعی زیاد از پیروان شیخیه به دور خود، مسلك جدیدی را پدید آورد كه به «بابیه» معروف شد. البته علی محمد باب پس از مدتی دعوی گرانتری نمود و خود را «قائم آل محمد» خواند.[1] . در توقیعی كه خطاب به ملا عبدالخالق یزدی نگاشت ، ادعای خود را چنین ابراز كرد :«اننی انا القائم الذی انتم بطهور توعدون»[2]
وی سپس خود را «مبشر من یظهره الله» خواند و مانند عیسی ،‌موسی و محمد بن عبدالله دانست و معتقد شد كه با ظهورش دین جدیدی به نام «بیان» تحقق پذیرفته است.

از میان ادعاهای چند گانه «باب» آنچه باعث شهرت وی گشت، ادعای «بابیت» وی بود، بر پایه همین ادعا نیز بود كه جنبش اجتماعی در خور توجهی پدید آمد و با بیان جنگ‌های شگفت‌آوری با قوای دولتی نقاط مختلف كشور به عمل آوردند و در دل حكومت‌گران وحشتی عظیم پدید آوردند.

دولت مركزی در برابر این چالش‌ها ، علی محمد باب را كه در زندان قلعه چهریق به سر می‌برد به تبریز آورد و طی یك محاكمه در مقابل علما او را محكوم به اعدام كرد. (1266 هـ ق) . اعدام علی‌محمد باب موج شدیدی از اعتراضات بابیان، در شهرهای مختلف را برانگیخت . اما مهم‌ترین واقعه كه منجر به سركوب شدید بابیان و اخراج آنان از ایران شد، واقعه ترور نافرجام ناصرالدین شاه توسط چند تن از افراد بابی بود. (1268 هـ.ق) سوء قصد به جان شاه قاجار ، پیامدهای سنگینی برای بابیان در بر داشت. به دنبال این عمل تلاش وسیعی از طرف حكومت، برای دستگیری و قتل بابیان صورت گرفت و بنا به نوشته زعیم‌الدوله، انقلاب و اضطراری شدیدی در تهران پدید آمد كه چهارصد نفر از بابیان كشته و ده‌ها نفر كه بابی نبودند، اما از سوی دشمنانشان به بابیگری متهم شده به آنان محلق شدند.[3]

به دنبال این اقدام كلیه بابیان به همراه رهبرانشان از ایران اخراج شدند و به بغداد گریختند. از این زمان روند تغییر محتوایی جنبش‌ بابیه به فرقه بهائیه آغاز شد. و حمایت دول بیگانه و پشتیبانی آنان از بابیان در به ثمر رسیدن این جریان هویدا گشت.

فرقه بهائیت:
در جریان سركوب بابیان از سوی دولت، بسیاری به قتل رسیدند، برخی زندانی شدند، گروه كثیری نیز به بغداد گریختند. رهبری بابیانی كه به بغداد گریختند بر عهده میرزا یحیی نوری معروف به «صبح ازل» بود. بنا به تصریح اكثر مورخان بابی، میرزا یحیی نوری از طرف علی محمد باب به «وصایت» مأمور و منصوب شده بود و عموم بابیه او را بدین سمت شناختند و او را واجب الطاعه و اوامر او را مفروض الامتثال دانستند.[4] لیكن زورگویی برادر كوچكترش میرزا حسینعلی نوری كه به مدت چهار ماه به دلیل اتهام به دست داشتن در حادثه سوء قصد به شاه در زندان به سر می‌برد و سپس به مساعدت‌های بی‌دریغ سفیر روس آزاد شده و به بغداد گریخت ، امكان جانشینی علی‌محمد باب را از میرزا یحیی صبح ازل گرفت. پس از درگیری‌ها و كشمكش‌هایی شدید بین دو برادر كه در استانبول رخ داد، میرزا حسینعلی نوری معروف به «بهاءالله» ادعای «من یظهره اللهی» نموده و خود را جانشین علی محمد باب و رهبر بابیان خواند و مسلك جدیدی پایه‌گذاری كرد كه به «بهاییت» معروف شد.

اختلاف دو برادر و درگیری میان پیروان آنان در استانبول دولت استانبول را مجبور كرد كه آنها را ابتدا به ادرنه و سپس از ادرنه بهاییان را به عكا (فلسطین) و ازلیان را به قبرس (ماغوسا) تبعید كند. پس از این واقعه روز به روز از تعداد الزلیان كاسته شد و به واقع با مرگ میرزا یحیی صبح ازل (1330 هـ.ق) ازلیگری هم مرد . در عوض بهائیگری قدرت بیشتری گرفت.

پس از مرگ حسینعلی بهاءالله پسر و جانشین او عباس افندی معروف به عبدالبهاء رهبر فرقه بهاییان شد از این زمان به بعد تحرك جدی مبلغان بهایی و به تبع آن رشد بهاییت در ایران آغاز شد و در دوران سلطنت رضا شاه و محمدرضا شاه بهاییان از نفوذ و حمایت فراوان در دستگاه دولتی برخوردار شدند. درزمان رهبری عبدالبهاء، حكومت مشروطه در كشور عثمانی پدید آمد. (1910 م) به این طریق بهاییان به آزادی كامل در نشر عقاید و تعالیم خود نایل شدند. و عبدالبهاء جهت تقویت نفوذ بهاییان در سطح جهان در سالهای (1913-1911 م / 1289-1291 هـ.ق) سفرهایی به كشورهای اروپایی و آمریكایی كرد. در طی این مسافرت عبدالبهاء با برخی از سران مشروطه خواه ایران چون دوست محمدخان معیرالملك داماد ناصرالدین شاه ، سید حسن تقی‌زاده ، جلال‌الدوله پسر ظل‌السلطان میرزا محمد قزوینی و سردار اسعد ملاقات كرد. در همین سفر بود كه وی قبل از رفتن به آمریكا با گروهی از سران پارسی ملاقات كرد. این ملاقات‌ها بیانگر آن است كه عده‌ای خاص از زرتشتی‌ها و بهاییان و برخی از رجال سیاسی ایران در مقاطع مختلف تاریخ ایران و در ارتباط با تحولات معاصر با یكدیگر همكاری می‌كردند.

در زمان عبدالبهاء بر تعداد بهاییان ایران افزوده شد ، در این زمان علاوه بر یهودیان، زرتشتیان نیز از عمده‌ترین گروهی بودند كه پیرو كیش بهاییت شدند. چنانچه اسماعیل رایین می‌نویسد :«غالب بهایی‌های ایران یهودیان و زرتشتیان هستند و مسلمانانی كه به این فرقه گرویده‌اند در اقلیت می‌باشند».[5]
در سال 1287 هجری ، 250 نفر از زرتشتیان بهایی شدند.[6] كه غالب آنها رعایای ارباب جمشید جمشیدیان، ثروتمند مقتدر زرتشتی بودند. ارباب جمشید از جمله شخصیت‌های مهم زرتشتی بود كه نزد عبدالبهاء ‌از جایگاه والایی برخوردار بود. چنانچه عبدالبهاء مكررا پیروانش را به اطاعات و فرمانبرداری از اوامر او دستور می‌دهد و می‌گفت: «خدمت او خدمت من است و صداقت و امانت او صداقت و امانت من ....»[7]

گرچه این پدیده را می‌توان به شكل‌های مختلف تحلیل كرد و برای آن پایه‌های اجتماعی و فرهنگی فرض نمود، لیكن بررسی این پدیده با تحولات دیگر، موضوع را جدی‌تر نشان می‌دهد. همكاری بهاییان با سران اكابر پارسی هند و عضویت آنان در بسیاری از مجامع و انجمن های سیاسی كه توسط این گروه تشكل شده بود، حاكی از آن بود كه برخی از بهاییان و سران اكابر پارسی هند با همگامی و همكاری هم ، به طور آرام در حال سرمایه‌گذاری در بخش‌هایی از جامعه ایران بودند كه روند این حركت در دوره پهلوی به ویژه محمدرضا شاه نمود خود را آشكار كرد.

در دوران جنگ جهانی اول فرقه بهایی كاركردهای اطلاعاتی مهمی به سود دولت بریتانیا داشت. این اقدامات كار را به آنجا رسانید كه گویا در اواخر جنگ، مقامات عثمانی تصمیم گرفتند عباس افندی را اعدام كنند. اما پیروزی متفقین و شكست عثمانی دولت بریتانیا را بر آن داشت تا به پاس قدردانی از خدمات بهاییان در دوران جنگ، «شهسوار طریقت امپراطوری بریتانیا»[8] را به عباس افندی اعطا كند.[9] اندكی پس از این واقعه كودتای سوم اسفند ماه 1299 رضا خان میرپنچ و سید ضیاءالدین طباطبایی در ایران رخ داد و به انقراض سلسله قاجاریه و آغاز حكومت پهلوی منجر شد.

رهبر بهاییان جهان همزمان با حكومت پهلوی، «شوقی افندی» نوه دختری عباس افندی بود. در این دوره به علت برنامه‌ریزی‌ها و سازمان‌دهی‌های جهانی كه با «نقشه ده ساله» شوقی افندی آغاز شد، رشد بهاییت و گسترش آن شتاب گرفت. چنانكه در اواخر سده بیستم میلادی شمار نهادهای بهایی به بیش از 150 مجمع روحانی ملی و نزدیك به 20 هزار مجمع روحانی محلی رسید.[10]

شدت تبلیغات و فعالیت بهاییان ، اعتراض شدید علما و روحانیون كه در صدر آنان آیت‌الله العظمی بروجردی مجتهد عالیقدر شیعیان قرار داشت را برانگیخت. پس از ابراز نارضایتی‌های شدید آیت‌الله بروجردی و انجمن‌ها و مجامع مذهبی ضد بهاییگری، ‌حكومت پهلوی ناگزیر به محدود كردن فعالیت بهاییان شد. به دستور شاه، پزشك مخصوص بهایی او، سرلشكر عبدالكریم ایادی مدت كوتاهی ایران را ترك كرد و در ایتالیا اقامت گزید.[11]
در 16 اردیبهشت مقامات نظامی ـ سرتیپ تیمور بختیار فرماندار نظامی ایران ، سرلشكر نادر باتمانقلیچ رییس ستاد ارتش ـ به تصرف و تخریب حظیره‌القدس بهاییان یاری رسانیدند. البته این حركت تاكتیكی محمدرضا شاه را نباید به هیچ وجه جدی تلقی كرد زیرا پس از این اقدامات نه تنها از حضور بهاییان در دربار و حكومت كاسته نشد، بلكه بیش از پیش قدرت آنان فزاینده شد. عبدالكریم ایادی مجددا به ایران بازگشت و نفوذش در دستگاه دولتی و دربار مستحكم تر شد.
محمدرضا شاه وجود بهایی‌ها را در مشاغل و مناصب مهم و حساس دولتی مفید تلقی می‌كرد و برای آنان هیچ گونه محدودیتی ایجاد نمی‌كرد و معتقد بود بهایی‌ها علیه او توطئه نمی‌كنند. بنابراین در دوره او به ویژه در دوره نخست وزیری امیرعباس هویدا (1356-1343 هـ.ش) بهایی‌ها به طرز عجیبی در دستگاه دولتی و دربار قدرت یافتند. این امر نیز به چند دلیل بود:
  1. نظر مساعد شاه درباره آنان
  2. وجود چهره‌های باسواد تحصیل‌ كرده غربی در میان بهاییان
  3. وجود افكار و عقاید تجدد خواهانه و دنیاگرایانه در میان آنان
  4. تعلق خاطر به ایران و وطن
  5. و از همه مهم‌تر ارتباط قوی و پیچیده بهایی‌ها با دول استعماری و صهیونیسم

افزایش قدرت سیاسی بهاییان به توسعه قدرت اقتصادی آنان منجر شد به گونه‌ای كه در این زمان اغلب شخصیت‌های طراز اول در اقتصاد و سرمایه‌داری بهاییان بودند. شخصیت‌هایی چون حبیب ثابت پاسال (مالك بیش از 41 كارخانه عظیم صنعتی و 85% مؤسسات بزرگ خصوصی فعال در كشور) هژبر یزدانی ، منصور روحانی ـ مجری طرح تخریب كشاورزی در ایران ـ عبدالكریم ایادی و غیره از سرمایه‌دارترین اشخاص بهایی بودند كه با سوء‌استفاده‌های مالی و زد و بندهایی در امور اقتصادی نبض اقتصادی كشور را بدست گرفته بودند.

در بررسی و عملكرد فرقه بهاییت در ایران، یكی از نكات قابل ملاحظه، ارتباط میان یهودیان و بهاییان و همگانی و همكاری این دو گروه با همدیگر است. گردش یهودیان به بهاییت و نقش آنان در گسترش بهایی‌گری از نكات بسیار مهم در تحولات معاصر ایران است، كه به دور از هر گونه افراط و تفریط باید مورد بازبینی علمی قرار گیرد. به ویژه آنكه ارتباط شبكه بهاییت و صهیونیسم و نقش بهاییان و حمایت‌های آنان در استقرار و استمرار حیات دولت اسراییل مطرح شود.

با پیروزی انقلاب اسلامی ایران غالب بهاییان، از كشور خارج شدند، برخی نیز اعدام شدند. اعدام یا اخراج بهاییان عموما به مشهورترین و ثروتمندترین خانواده‌های بهایی تعلق داشتند كه به دلیل تصدی مناصب عالی دولتی و یا دستیابی به ثروت‌های عظیم از طریق پیوند با حكومت پهلوی مورد تعقیب قرار گرفتند. افرادی مانند امیرعباس هویدا، حبیب ثابت پاسال ، هژبر یزدانی ، عبدالكریم ایادی ، هوشنگ انصاری و غیره به عنوان شاخص‌ترین چهره‌های فرقه بهایی در ایران، تمامی بهاییان ایران نبودند و اعدام یا فرار آنان از كشور به معنی پایان حیات بهاییت در ایران نبود.